Für den UEFA Intertoto Cup 2007 durften 50 Nationen jeweils eine Mannschaft in den Wettbewerb schicken. In drei Runden wurde um elf Plätze für die zweite Qualifikationsrunde des UEFA-Pokals 2007/08 gespielt.
Die Verbände Liechtenstein, Andorra und San Marino haben keinen Stammplatz im UI-Cup. Andorra verlor seinen Stammplatz von 2006 an den neuen, 53. Verband Montenegro, da die UEFA weiterhin nur 50 Teilnehmer im UI-Cup duldet. Nachdem Schottland und Norwegen auf ihre Teilnahme verzichtet haben, wurden die beiden freien Plätze von der UEFA neu vergeben. Nach den Statuten darf in so einem Fall ein Verband maximal einen zweiten Teilnehmer ins Feld führen. So erhielt Andorra einen Startplatz, und Rumänien durfte einen zweiten Teilnehmer aufbieten.
Die Verbände, welche in der UEFA-Fünfjahreswertung die vorderen Plätze belegen, stiegen erst später in den Wettbewerb ein. Die Ranglistenplätze eins bis acht spielen nur die finale dritte Runde, die der Plätze neun bis 22 die zweite und dritte Runde. Durch Verzicht frei werdende Plätze werden nach Rangliste aufgefüllt, so dass zusätzliche Starter grundsätzlich in der ersten Runde spielen (2006 wurde von dieser Regel abgewichen, als Italien wegen des dortigen Ligaskandals sehr kurzfristig freiwillig seine UI-Cup Teilnahme zurückzog, und der nachgerückte AJ Auxerre (FRA) ebenso wie Olympique Marseille (FRA) nur die dritte UI-Cup Runde spielen musste).
Um die Reisekosten für die Vereine niedrig zu halten, wurden alle Mannschaften nach geografischen und logistischen Gründen in drei Gruppen aufgeteilt: Nordeuropa, Mitteleuropa und Südeuropa.[1] Um die ungerade Teilnehmerzahl in den Gruppen auszugleichen, galten für den Wettbewerb 2007 folgende Änderungen: Luxemburg (ab Runde 1) und Griechenland (ab Runde 3) zählten zu Mitteleuropa und Polen (ab Runde 2) zu Nordeuropa.